カテゴリ「健康長寿社会」 ポスト「京」重点課題2 個別化・予防医療を支援する統合計算生命科学
 

ソフトウェア情報

ポスト「京」重点課題2「個別化・予防医療を支援する統合計算生命科学」においてスーパーコンピュータ「京」で開発されたソフトウェアをご紹介しています。
次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発およびHPCI戦略プログラム 分野1「予測する生命科学・医療および創薬基盤」で開発されたソフトウェアも含みます。)

全身筋骨格系シミュレーション

ソフトウェア 開発者
Hi-Muscle 高木 周(東京大学大学院工学系研究科)
運動ニューロンからのシグナルにより筋繊維レベルの収縮を計算し、結果として骨格筋全体の収縮を扱うマルチスケール骨格筋シミュレータです。

心臓シミュレーション

ソフトウェア 開発者 ほかWebサイト
UT-HEART 久田 俊明(株式会社UT-Heart研究所) UT Heart XB Modeler
細胞下の機能タンパクレベルの電気化学・力学現象を再現した心筋細胞モデルを使って心臓を組み上げ、心臓の拍動と血流までを再現します。

血栓シミュレーション

ソフトウェア 開発者
EX-THROM 高木 周(東京大学大学院工学系研究科)
血小板表面のGP1baと血管壁およぶ血漿中のフォンウィルブランド因子(vWF)との相互作用を分子レベルの結合を考慮した計算で再現し、その後の血小板の活性化から凝固に向かう複雑な生化学反応を再現します。

次世代シークエンサーデータ解析

ソフトウェア 開発者
Genomon 宮野 悟(東京大学医科学研究所)
がんゲノムのエクソーム、RNAシークエンスデータ、全ゲノムシークエンスデータを解析し、変異/バリエーション(SNV)・コピーナンバーバリエーション(CNV)の推定、融合遺伝子の推定等により、がんのシステム異常をシークエンス、トランスクリプトームレベルで大規模網羅的に明らかにします。

生体分子ネットワーク解析

ソフトウェア 開発者
SiGN-BN 宮野 悟(東京大学医科学研究所)
ベイジアンネットワーク により、遺伝子発現データから遺伝子間の発現の静的・動的依存関係を表す遺伝子ネットワークを推定します。
SiGN-L1 宮野 悟(東京大学医科学研究所)
L1 正則化法により、遺伝子発現データから遺伝子間の発現の静的依存関係を表す遺伝子ネットワークを推定します。また Network Profiler機能では、個人を特徴づける特徴量(モジュレーター)に依存して遺伝子間の発現の依存関係が変化する遺伝子ネットワークを推定します。
SiGN-SSM 宮野 悟(東京大学医科学研究所)
状態空間モデルにより、時系列遺伝子発現データから、遺伝子発現モジュール間および個々の遺伝子間の動的依存関係を表すネットワークを推定します。
BENIGN 松田 秀雄(大阪大学大学院情報科学研究科)
種々の条件下での生体分子の発現データから、各条件下での生体分子間の発現の依存関係を表すネットワークをベイジアンネットワークにより推定し、相互の比較を可能にします。
EEM 新井田 厚司 (東京大学医科学研究所)
遺伝子セット情報に基づいてmRNA発現データ中で共発現している遺伝子群、発現モジュールを抽出します。

解析支援プラットフォーム

ソフトウェア 開発者
VGE 伊東 聰(東京大学医科学研究所)
スーパーコンピュータ「京」を含むグリッドエンジン非搭載のスーパーコンピュータ上にグリッドエンジン相当のサービスを提供するミドルウェア。パイプラインをMPI化することなく動作させることが出来るようになります。

その他

ソフトウェア 開発者
R (GNU R)
統計解析向け言語およびその実行環境で、データ操作や計算、表示のためのソフトウェアスイートです。         
Blat OpenMP Patch 伊東 聰 (東京大学医科学研究所)
BlatのOpenMP化パッチです。        



「次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発」で開発されたソフトウェア

「次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発」にて開発されたソフトウェアの公開サイトをご覧ください。

ソフトウェア利用について

利用許諾権(ライセンス)等について

本HPで紹介しているソフトウェアの利用許諾権(ライセンス)は個々のソフトウェアの著作権者が定めており、ソフトウェアごとに異なります。著作権者によって記載されている利用許諾権(ライセンス)にご留意ください。 なお、ソフトウェアの著作権に関連する事項は、個々のソフトウェアの開発責任者にご確認ください。

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